7日下午5时召开紧急记者会表示，碍于法令规定，不得已取消厦门行，希望本次事件不会影响两市的交情，而他也感叹两岸关系历史包袱太沈重，不是一、两日就能去除。由于外界一直有谢长廷想争取两岸第二轨地位的猜测，此次的厦门行更被解读为长扁在两岸关系上一较高下的第一仗，因此，谢长廷也在记者会上强调，厦门市的邀请只是单纯的城市交流，最终还是不能取代两岸两会的高层交流。东森新闻报林佳慧报导说，谢长廷指出，他始终将厦门行定位在城市间交流，当初是为了带动两岸商机，才会有高雄市与厦门市进行城市交流的提议，在邀请与联络过程中，高雄市并未感到任何的恶意，而也真的获得厦门市长的邀请。
除了强调城市交流依然不能取代高层交流外，谢长廷也表示两市的城市交流只是单纯的「文化交流」，希望两岸破冰，就从高雄开始。
对于厦门行遇阻，他也归咎于社会共识的不族，他表示，如果社会共识很强，两市交流就不会有疑议，更能因此成为国家的安全网，对两岸生存发展是有利的，但谢长廷批评，从厦门行成形到取消的这个过程显示，社会共识并不强，也未成熟。
针对陆委会的处置，谢长廷也有所微言，他表示政院上午才要求高雄市补送资料不久，就接到陆委会主委的通知，希望他们再修改资料，而且陆委会并直言，希望高雄市在政策检讨前，暂停大陆行，前后间隔的时间实在有点赶。
由于时间紧迫，谢长廷坦言，他承受了相当大的压力，包括议会与厦门市方面的行程都很难交代的过去，因此，确定政院不准厦门行之后，高雄市已经在下午3点30分通知大陆，取消大陆厦门行程，3点３35分通知厦门，请厦门取消行程，但他仍希望厦门继续与高雄保持友好关系。
记者会最后，谢长廷也不放弃「未来」可能的大陆行，并表示愿意以善意的互动，将城市交流纳入两岸的友好互动之中，以两岸城市交流的良好模式，创造出两岸高层的善意交流。
此外，他也表示，未来城市交流仍是高雄市的努力目标，也希望两市未来的交流，不受本事件影响。
